Det er også muligt at benytte de såkaldte transitruter i miljøzonerne, hvis et køretøj ikke opfylder miljøzonekravene:
I København kan der gennem en særlig transitrute køres til og fra Nordhavnen, herunder til færgeterminalen for Oslobåden. Ruten går fra Københavns kommunegrænse via Lyngbyvej til Nordhavnsvej og rammer Kalkbrænderihavnsgade.
I Aalborg er Vesterbro og Strandvejen fra vestbyen til Limfjordsbroen transitruter. Transitruten er udpeget for at sikre mulighed for gennemkørsel via Limfjordsbroen, hvis der er spærret gennem Limfjordstunnelen. Særtransporter, der ikke må køre gennem Limfjordstunnelen, kan også anvende transitruten.
Det er muligt at se transitruterne ved at zoome ind på kortet ovenfor.
Ingen motorveje er beliggende i miljøzonerne, vær opmærksom på nogle afkørsler kan grænse op til en miljøzone.